Il 29 aprile 2010 è stata siglata dalla Conferenza Stato-Regioni l'intesa sulle Linee Guida nazionali del sistema CUP. Le Linee Guida, predisposte dal Ministero della salute in collaborazione con le Regioni, rispondono all'esigenza di sviluppare e armonizzare i Sistemi CUP a livello nazionale, rendere disponibile una visione completa e pienamente integrata della rete di offerta dei servizi sanitari ed offrire un servizio migliore ai cittadini, accrescendone la capacità di scelta e riducendo i tempi medi di attesa per l'erogazione delle prestazioni richieste.
In particolare, le Linee Guida disciplinano le modalità di articolazione del Sistema CUP, nelle sue componenti di Front-office, con riferimento ai diversi canali di accesso per finalità di raccolta delle richieste, prenotazione delle prestazioni e riscossione, nonché di Back-office, per la programmazione e la manutenzione ordinaria/straordinaria delle attività propedeutiche alla prenotazione.
Le Linee Guida prestano attenzione anche agli aspetti di tipo funzionale, tra cui la gestione della prenotazione delle prestazioni sanitarie in "circolarità", cioè tramite tutti i punti d'accesso del Sistema CUP, indifferentemente dall'appartenenza ad una specifica azienda sanitaria, nel rispetto dell'ambito territoriale di garanzia previsto per quella tipologia di prestazione per i propri assistiti.
Inoltre, sempre dal punto di vista delle funzionalità, vengono date specifiche indicazioni sulla gestione delle disdette delle prenotazioni, sulla modalità di gestione delle differenti denominazioni delle prestazioni, sulla gestione delle prenotazioni per classi di priorità, nonché sul sistema di rilevazione della mancata erogazione della prestazione per abbandono dell'utente e strumenti per contenere tale fenomeno, oltre che sul monitoraggio dei tempi di attesa.
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